Fab-Fragmente eignen sich dazu, die Oberfläche von Immunglobulinen sterisch zu blockieren. Dies macht es möglich, Primärantikörper aus derselben Spezies in einer Doppelfärbung zu detektieren oder um zell- oder gewebeeigene Immunglobuline zu blockieren, um so Hintergrundfärbung zu reduzieren.
Monovalente Fab-Fragmente besitzen nur eine Bindungsstelle für Antigene. Im Gegensatz dazu verfügen komplette IgG-Moleküle und IgG F(ab’)2-Fragmente über zwei Bindungsstellen für Antigene.
Nur diese Eigenschaft der monovalenten Fab-Fragmente macht die Anwendung für die oben genannten Zwecke möglich, da IgG-Gesamtmoleküle und F(ab’)2-Fragmente einen zweiten Primärantikörper aus derselben Spezies binden können und zu einer ungewollten Doppelmarkierung führen!
Fab-Fragmente sind nicht gegen Serumproteine anderer Spezies präadsorbiert.
Zell- oder gewebeeigene Immunglobuline (z.B. in Mausgewebe) können durch 30–60 min Inkubation des Gewebes mit
10–100 µg/ml unkonjugiertem Fab-Fragment (z.B. Ziege anti-Maus IgG) blockiert werden.